MASTER 2 Biologie-Santé - Génomique et Biotechnologies

Description

Maitriser les méthodologies d’analyses haut débit visant à l’étude du génome, du transcriptome, de l’épigénome, du protéome et de l’interactome. Donner de solides bases dans l’analyse de données de séquençage de nouvelle génération visant à l’étude du génome et du transcriptome. Exploiter des données protéomiques.

Objectif

Les étudiants connaîtront l’ensemble des techniques haut débit visant à l’étude des différents « omes ». Ils seront capables, à partir de données brutes d’expression issues de séquençage de nouvelle génération, de réaliser, de manière autonome, l’ensemble du pipeline d’analyse sous les environnements GALAXY et R et à l’aide d’outils disponibles sur le Web couramment utilisés dans le domaine de la génomique et de la transcriptomique. Ils seront capables de rechercher et d’intégrer différentes données au sein d’un réseau biologique.

Description

Formation technologique: présentation et initiation aux technologies en Biologie proposées par les différentes plateaux techniques de la plateforme BISCEm (Biologie Intégrative Santé Chimie Environnement) 

Projet : Projet d’étude sous forme de dossier d’appel d’offre « type ANR ». Le but étant de proposer un projet scientifique réaliste visant à améliorer la thérapie, le diagnostic, la prise en charge ou la compréhension d’une pathologie en lien avec les UEs spécifique des parcours. Les projets sont tutorés par un responsable enseignant spécialiste du domaine et évalués en milieu de semestre par la présentation d’une lettre d’intention puis par la rédaction d’un rapport type « mini ANR » et une soutenance en fin de semestre.

Description

La pharmacogénétique étudie le lien entre les caractéristiques génétiques constitutionnelles d’un individu et les effets des médicaments ou leur devenir dans l’organisme. L’arrivée du séquençage de « nouvelle » génération (Next-Generation Sequencing) laisse entrevoir de nouvelles perspectives d’application, qui consisteraient à analyser des panels plus larges de variations génétiques (sans être limité au seul couple gène-médicament justifiant la prescription initiale du test). L’information générée pourrait être utilisée pour personnaliser plus finement l’ensemble des traitements envisagés pour un patient donné (lors de la réalisation du test, puis tout au long de sa prise en charge future. Le séquençage d’exome (voire du génome entier) offre des perspectives encore plus ambitieuses mais posent de réelles questions éthiques et économiques qu’il convient de ne pas négliger.

Objectif

cet enseignement permet de définir les différents contextes d’applications de la pharmacogénomique (utilisation en routine hospitalière pour la personnalisation des traitements mais aussi recherche & développement sur le médicament) en définissant notamment le cadre réglementaire actuel et les limites de la discipline dans le domaine de la médecine de précision. Les perspectives d’évolution seront mises en perspective des évolutions techniques considérables survenues ces dernières années (pharmacogénomique préemptive, séquençage d’exome, rare variants genomics, etc.). Les différentes interventions  permettront d’aborder les applications actuelles et envisagées à moyen-terme de la pharmacogénomique, aussi bien dans le domaine de la médecine de précision que dans le contexte de la recherche sur le médicament. Les différents enjeux scientifiques, économiques et éthiques seront abordés.

Description

Malgré des améliorations significatives apportées notamment par la biologie moléculaire et les techniques de PCR en temps réel, la microbiologie conventionnelle reste à ce jour contrainte par la capacité de croissance, la vitesse de culture des agents infectieux (bactéries, virus, champignons) et les spécificités de chaque pathogène. La génomique microbienne constitue une méthode d’investigation à même d’apporter des éléments d’orientation pertinents, le tout dans un contexte thérapeutique et/ou sanitaire contraint par le temps. La génomique microbienne, applicable à partir de la culture d’un agent infectieux, mais aussi directement à partir d’un prélèvement d’origine clinique ou environnemental (métagénomique) s’intéresse à l’ensemble de l’information génétique d’un échantillon et ne se limite pas aux seuls aspects phénotypiques classiquement apportés par la culture. Les techniques de séquençage haut-débit (Next-Generation Sequencing) donnent désormais accès à des données jusqu’alors peu explorées du patrimoine génétique des microbes, tels que le résistome - c’est-à-dire l’ensemble des gènes de résistance aux antimicrobiens - ou le virulome - c’est-à-dire à l’ensemble des gènes de virulence. De plus, la génomique comparative permet de façon précise et rapide d’analyser des liens entre souches microbiennes. Ceci permet à la fois d’étudier l’évolution des espèces dans le temps et dans différentes conditions environnementales et, dans un contexte épidémique, d’étudier la clonalité des souches à différentes échelles (locale dans un hôpital ou mondiale comme les récentes épidémies de salmonelloses par exemple). Ces informations peuvent constituer un élément clé dans la mise en œuvre d’une médecine de précision à l’heure des thérapies ciblées (antibiotiques, antiviraux, immunothérapies).

Objectif

Cette unité d'enseignements vise à définir les applications de la génomique microbienne dans le domaine clinique mais aussi dans le domaine environnemental (concept du One Health), à l’heure où la santé doit désormais être appréhendée sur un plan individuel via une médecine de précision, mais aussi de façon plus globale via une approche transversale intégrant l’homme, l’animal et l’environnement. Les différents aspects seront traités à travers des exemples concrets : recherche du résistome d’une bactérie, comparaison de génomes d’agents infectieux dans un contexte épidémique, métagénomique clinique à visée diagnostique…

Description

Semaine en immersion avec enseignants-chercheurs anglophones. Journal club, Debates, CV, phone interview, Job interview, elevator pitch. Poster session en présence de l’ensemble des responsables projets.

Langue

anglais

Description

Outils de management, management projet, sensibilisation à l’entreprenariat, propriété intellectuelle et industrielle. Cours donnés sous forme d’ateliers ou de conférences par des professionnels de la sphère privée.

Description

Parmi les mécanismes qui contribuent à la diversité d’expression des génomes, la glycosylation occupe une place éminente. Etroitement associée aux processus biologiques normaux ou pathologiques, elle constitue par ses modalités très variées, l’un des principaux degrés de liberté acquis par les cellules eucaryotes au cours de l’évolution.  Seront particulièrement abordés les thèmes suivants:

• Rôles des glycanes dans le repliement et le contrôle qualité des glycoprotéines,
• Glycosylation et signalisation cellulaire, différenciation et développement,
• Glycobiologie et Cancers,
• Désordres génétiques de la glycosylation

Objectif

Cette unité d'enseignements vise à  illustrer, par l’étude d’articles scientifiques, les multiples rôles que jouent les glycoconjugués dans des processus physiologiques et pathologiques.

Description

La médecine génomique et la sélection génomique sont au coeur de cette unité d'enseignements. D'une part, les technologies de séquençage de nouvelle génération, à moyen/haut débit ont apporté un bénéfice important pour les patients en matière de diagnostic pour les maladies rares ou en cancérologie. L’exploitation du génome grâce à des analyses de séquençage à très haut débit devrait permettre l’identification de mutations responsables qui n’auraient pu être détectées auparavant et donnera une nouvelle dimension aux diagnostics réalisés, au prognostic et orientations thérapeutiques choisies (médecine génomique). D'autre part, la sélection des espèces végétales et animales remonte à leur domestication à partir d’espèces sauvages. Suite à cette domestication, un long travail d’amélioration a été et est encore réalisé pour adapter les espèces aux différents besoins de l’homme. Les avancées de la génomique dans les programmes de sélection représentent un saut technologique déterminant. La sélection génomique bouleverse complètement l’organisation et les perspectives en amélioration génétique.

Objectif

Les différentes interventions permettent d’aborder :

• d'une part, les différents enjeux à la fois scientifiques et cliniques, technologiques mais aussi éthiques de la médecine génomique.

• d'autre part, les différents enjeux scientifiques et économiques mais aussi les réponses que peut apporter la sélection génomique aux enjeux sur l’environnement et au changement climatique

Description

stage de 6 mois en entreprise ou dans une unité de recherches.